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一、在土地增值税清算过程中，发现纳税人有下列情形之一的，可按核定方式对房地产项目进行清算。
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
主管税务机关应加强核定征收项目的调查核实，严格控制核定征收的范围，纳税人直接转让国有土地使用权的，原则上不得核定征收。实施核定征收的项目，须经上一级税务机关核准。
二、房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
三、凭证资料不符合清算要求或不实是指存在下列情形之一：
（一）不能完整提供工程竣工、工程结算、工程监理等方面资料的，或未按国家有关规定、程序、手续进行工程结算的；
（二）工程结算项目建安造价高于当地扣除项目金额标准无正当理由的；
（三）挡土墙、桩基础、户内装修、玻璃幕墙、干挂石材、园林绿化等工程不能提供完整的工程施工图、竣工图、工程量清单、材料苗木清单（总平面乔灌木配置图）的；
（四）房地产开发企业与工程承包企业互为关联企业，建安造价高于当地扣除项目金额标准的；
（五）大额工程款采取现金支付或支付资金流向异常的。
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