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1.经全国总工会批准独立管理经费的铁路、民航、金融所 属单位按原渠道缴交工会经费，暂不纳入税务机关代收范围。
2.实行财政统发工资的行政、事业单位按广东省总工会和广东省财政厅联合下发的《关于贯彻落实财政拨款的行政事业单位计拨工会经费有关问题的通知》（粵工总财〔2005〕198 号）规定缴交工会经费，暂不纳入税务机关代收范围。
3.工会经费纳入税务机关征管系统统一管理，由省税务局每月将代收的工会经费的实收数据按地区分类汇总，在次月5 个工作日内统一传送给省总工会。
4.国库部门在每日账务处理完毕后，打印工会经费预算外收入日报表，一式两份，一份交税务机关用于核对当日工会经费收缴情况，一份国库留存。国库部门每月（年）末提供一式两份的工会经费预算外收入对 账报表等相关资料，在次月3 个工作日内交税务机关作对账单。税务机关在收到对账单后3 个工作日内核对完毕并签署对账结果，一份返还国库留存。
5.税务机关和省总工会之间的对账管理以代收地区为单位，按月对账。代收数据以省税务局实际传送的代收核销的数据为准，资金以国库部门收到并划入工会经费归集账户的资金为准，实现代收地区的数据与资金对应匹配。
6.税务机关只负责核实缴费单位申请退费相应票证和所属期的实际入库金额。同级地方总工会收到税务部门传送的《工会经费退费申请审批表》后，按规定程序审批和办理退费，并将办理情况及时以书面、短信或电话方式通知申请单位。经批准同意退还的工会经费未分配的，从地级以上市总工会“工会经费分配户”中退还；已分配的，由地方总工会先行垫付退还，并负责已分配经费的结算工作。
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