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1.税务机关发现非正常户纳税人恢复正常生产经营的，应及时处理，并督促其到税务机关办理相关手续。
2.已认定为非正常户的纳税人，就其逾期未申报行为接受处罚、缴纳罚款，并补办纳税申报的，税收征管系统通过定时任务自动解除非正常状态，无需纳税人专门申请解除。
3.已被认定为非正常户的纳税人，自行申报履行纳税义务或是被税务机关追查到案继续履行纳税义务，且就其逾期未申报行为接受处罚、缴纳罚款、并补办纳税申报，而税收征管系统未自动解除其非正常状态的，税务机关可通过核心征管系统-【取消非正常户认定】进行解除，对其按正常户管理。
4.对没有欠税且没有未缴销发票的纳税人，认定为非正常户超过两年的，税务机关可以注销其税务登记证件，按照“非正常户注销”业务流程办理。
5.对欠税的非正常户，税务机关依照税收征管法及其实施细则的规定追征税款及滞纳金。非正常户的欠税，由省税务局按照总局《欠税公告办法（试行）》的有关规定进行公告。
6.非正常户异地协作管理
对非正常户纳税人的法定代表人或经营者申报办理新的税务登记的，主管税务机关核发临时税务登记证及副本，限量供应发票。主管税务机关发现纳税人的法定代表人或经营者在异地为非正常户的法定代表人或经营者的，应通知其到非正常户主管税务机关办理相关涉税事宜。纳税人的法定代表人或经营者在非正常户主管税务机关办结相关涉税事宜后，方可申报转办正式的税务登记。
7.非正常户在同一地市内存在对应同一法定代表人(负责人、业主)正常户的，通过风险管理系统的实时扫描风险任务下达正常户主管税务机关处置。由主管该正常户的税务机关向该法定代表人(负责人、业主)发出《税务事项通知书》，要求其办理解除非正常户手续。对于未按要求办理的根据《国家税务总局关于加强增值税发票数据应用 防范税收风险的指导意见》(税总发〔2015〕122号），可以严格控制其增值税专用发票发放数量及最高开票限额；对于符合非正常户认定条件的，及时认定非正常户。从而实现对非正常户的后续管理。
8.如发现非正常户纳税人存在未核销发票，未结案稽查案件，非正常终结风险任务，有欠缴税费（含呆账）的以及达标认定为增值税一般纳税人，税源管理部门应对纳税人的情况核实作后续跟进处理。
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