办公室（党委办公室）。承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。负责拟订综合工作制度、年度工作计划；组织和审核重要文稿；负责公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全等工作；组织实施督查督办工作；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案；负责落实税收宣传工作规划和年度计划，组织开展税收新闻宣传工作；贯彻落实涉税舆情管理、政务公开工作；承担区税务局网站、微信、微博、客户端等管理工作；负责分解落实上级下达的考评指标，拟订年度绩效计划及考评指标，组织实施绩效考评工作；负责贯彻落实预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度，拟订具体实施办法；审核汇编部门预算、决算，组织实施部门决算执行和公开工作；组织实施会计核算、会计基础规范工作；组织实施国库集中收付工作，办理具体收付事项；拟订年度采购计划，办理具体采购事项；负责资产的购置、处置和使用管理等工作；承担税务着装管理工作；组织实施基建项目管理；负责后勤事务的管理。

税政股。负责组织实施增值税、消费税、车辆购置税、企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等税种的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；负责相关税种具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；负责增值税发票管理，组织相关信息系统的推广应用及管理；指导相关税种的日常管理、日常检查；参与相关税种的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；负责税收协定执行、反避税实施、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等工作。

社会保险费和非税收入股。负责组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费以及文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作，研究制定具体实施办法；指导社会保险费和有关非税收入的日常征管、日常检查工作；参与有关社会保险费和非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。

收入核算股。负责研究拟订本区税收、社会保险费和有关非税收入规划，参与拟订相关收入预算目标并依法组织实施；负责开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；负责重点税源监控、企业税收资料调查工作；组织落实会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督；负责贯彻落实税收经济分析工作制度；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；开展地区专题分析和本地区与同类型地区的比较分析；组织实施税收政策效应分析。

纳税服务股。负责组织实施开展本区纳税服务（含缴费服务，下同）工作；组织实施纳税服务制度和规范；负责办税服务厅、纳税服务热线等面向纳税人和缴费人的服务渠道管理；负责落实税收信用体系建设；组织办理纳税服务投诉，分析纳税服务投诉情况，研究提出改进措施；负责落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务。

征收管理股。负责落实综合性税收征管法律、法规、规章、规范性文件和具体操作办法；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；负责征管质量监控评价；负责组织落实信息化规划、方案和制度，实施本单位信息化建设、考核评价和验收工作；负责落实税务行业标准和业务需求管理；负责信息化立项和预算管理。

税源管理一股。负责所辖纳税户（含缴费户，下同）税务登记及纳税申报的调查核实、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、风险应对、一般性违规违章行为处理等工作。

税源管理二股。负责所辖纳税户税务登记及纳税申报的调查核实、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、组织实施纳税评估、风险应对、一般性违规违章行为处理等；负责对出口企业退免税申报的审核和确认；组织落实本地出口货源征税情况并负责对外复函；负责本地出口货物专用缴款书及分割单开具的检查及指导工作。

税收风险管理股。负责风险管理的目标规划、制度制定的实施工作；负责本单位税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作；负责珠海市税务局下发风险应对任务的整合和推送；负责组织落实风险管理工作。

组织人事股。负责组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划；承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核等工作；承担工资、人事档案、专业技术职务管理等工作；监督检查干部人事规章制度执行情况；办理出国政审事项；组织开展数字人事推行工作，负责数字人事日常管理；组织开展教育培训工作；承担教育培训经费管理工作；承担加强离退休党员干部日常管理和基层党组织建设等任务；负责老干部的服务和管理工作。

机关党委（党建工作股）。组织实施机关党建和党风廉政建设工作；统筹负责机关党员教育、管理、监督和服务工作；组织开展机关思想政治工作和精神文明建设；承担机关统战工作；协调机关工会、共青团、妇委会开展机关群团工作。

根据有关规定，设置党委纪检组，名称为“中共国家税务总局珠海万山海洋开发试验区税务局（国家税务总局珠海保税区税务局）委员会纪律检查组”。负责机关和派出机构党的纪律检查工作。