国家税务总局横琴粤澳深度合作区税务局的主要职责是:

(一) 负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党主体责任，负责党的建设和思想政治建设工作。

(二) 负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。

(三) 负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。

(四) 负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为上级税务机关和所在地党政机关提供决策参考。

(五) 负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。

(六) 负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。

(七) 负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。

(八) 负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。

(九) 负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。

(十) 负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。

(十一) 负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。

(十二) 负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。

(十三) 负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。

(十四) 完成国家税务总局广东省税务局、横琴粤澳深度合作区管理委员会、执行委员会和中共广东省委横琴粤澳深度合作区工作委员会、广东省人民政府横琴粤澳深度合作区工作办公室交办的其他工作。