第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）。负责拟订并组织实施本系统重点税源企业税收服务和管理的中长期规划和年度计划；承担国家税务总局、广东省税务局部署的“千户集团”企业名册管理、数据补充采集、风险分析和风险应对等事项；组织实施本系统重点税源企业的风险分析、风险应对等专业化管理和个性化服务工作；开展重点税源企业税收经济分析及与同类型企业的比较分析；指导重点税源企业完善税务风险防控体系；负责组织、协调、指导、考核本系统重点税源企业税收服务和管理工作。

第二税务分局。组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；承担车辆税收一体化管理工作；对核定各类车辆最低计税价格提出建议；管理车辆购置税票证。负责组织实施进出口税收的管理工作，拟订具体实施办法；负责进出口税收具体业务问题的解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；参与拟订出口退（免）税年度安排，分配下达并组织实施年度退税安排；指导出口退税的日常管理、日常检查；参与进出口税收风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。承办珠海市税务局交办的其他工作。

第三税务分局（税收风险管理局）。负责信息数据和风险管理的目标规划、制度制定的实施工作；负责广东省税务局下发风险应对任务的整合和推送；负责本系统税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作；组织落实各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理、质量控制、分析应用、共享交换等事项；负责组织、协调、指导、考核本系统风险管理工作。

稽查局。负责组织落实税务稽查法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体实施办法；负责统筹稽查案源管理，协调、指导、考核本系统税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件；承担推行“双随机、一公开”监管工作；负责税收违法“黑名单”公布及联合惩戒工作；组织落实税务部门和公安部门联络机制；参与实施“一案双查”；承担市税务局列名企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；经国家税务总局广东省税务局指定，代管珠海市横琴新区区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第一稽查局。承担市税务局列名企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责香洲区、斗门区、金湾区、珠海保税区、珠海万山海洋开发试验区、珠海经济技术开发区、珠海高新技术产业开发区等区域内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。