第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）

主要职责：组织实施本系统重点税源企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。

第二税务分局

主要职责：组织实施车辆购置税征收管理工作；组织实施进出口税收管理工作，对进出口税收具体业务问题进行解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；承担出口退税工作。

第三税务分局（税收风险管理局）

主要职责：组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

稽查局

主要职责：组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件。

第一稽查局

主要职责：承担列名企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（源城区、连平县、紫金县、河源江东新区）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。

第二稽查局

主要职责：承担列名企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（和平县、龙川县、东源县、河源市高新技术开发区）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。