综合服务平台“抵扣勾选”模块下设“发票抵扣勾选”、“发票批量抵扣勾选”、“逾期发票抵扣勾选”和“出口转内销发票抵扣勾选”和“发票不抵扣勾选”五项发票勾选功能。其中:“出口转内销发票抵扣勾选”模块下设“出口转内销抵扣勾选”和“出口转内销不抵扣勾选”两个选项。纳税人根据经营实际，选择相应发票进行勾选。对勾选为抵扣的发票默认全额抵扣，纳税人可根据实际情况自行调整有效抵扣税额。对不用于抵扣的各类发票（包括出口转内销发票），纳税人应选择对应模块进行不抵扣勾选。

申报期内，纳税人可使用“抵扣勾选统计”功能进行抵扣申请，并对抵扣统计表进行签名确认，完成签名确认后填写申报表进行申报。在签名确认前，纳税人对用于当期申报抵扣的发票用途或抵扣所属期有调整，可以撤销勾选、重新勾选。

抵扣勾选/不勾选操作流程如下：