办公室（党委办公室）:承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作。

法制科:承担依法行政工作；起草相关税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作。

货物和劳务税科:组织实施增值税、消费税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；负责增值税发票管理。

进出口税收管理科:组织实施进出口税收的管理工作；负责进出口税收具体业务问题的解释和处理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；参与进出口税收风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。

所得税科:组织实施企业所得税和个人所得税征收管理工作；对企业所得税和个人所得税具体业务问题进行解释和处理。

财产和行为税科:组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。

社会保险费和非税收入科:组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费以及文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。

收入核算科:组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作；组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作。

纳税服务科:组织实施纳税服务工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作;负责12366纳税服务热线管理和平台运维工作。

征收管理科:组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；组织实施信息化建设工作。

税收风险管理局:组织实施信息数据和风险管理工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用。

财务管理科:组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作。

督察内审科:组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计。

组织人事科:组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作。负责教育培训工作。

考核考评科:组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。

机关党委（党建工作科）:统筹和指导机关党群工作，宣传和执行党的路线方针政策。

老干部科:负责老干部工作。

根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。