办公室（党委办公室）：承担机关日常运转、后勤事务管理、保障和服务工作，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作。

法制股：负责执法决定法制审核工作；组织协调税收案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项；落实公职律师和法律顾问相关工作；贯彻落实税收执法督察、执法责任制工作。

税政一股:组织实施增值税、消费税、车辆购置税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；指导相关税种的日常管理、日常检查。

税政二股：组织实施企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税、烟叶税、国际税收等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；指导相关税种的日常管理、日常检查。

社会保险费和非税收入股：组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费以及文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。

收入核算股：组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作；组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的规划；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作；组织实施税收经济分析、政策效应分析工作。

征收管理股：负责落实综合性税收征管法律、法规、规章、规范性文件和具体操作办法；组织实施税务登记、纳税申报、发票管理等日常征管工作；负责欠税工作统筹管理；负责征管质量监控评价；组织实施信息化建设工作。

税收风险管理股：负责风险管理的目标规划、制度制定的实施工作；负责本单位税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送和监控评价结果反馈等工作；组织落实风险管理工作。

税源管理一股：组织实施本区出口退（免）税的政策、风险、内控管理和监督工作；负责本区除提级核准管理企业以外的出口企业的出口退（免）税业务审核、调查评估、复审等具体操作；开展本区除提级核准管理企业以外的出口企业的出口退（免）税低风险任务、税费疑点任务等风险应对工作。

税源管理二股：负责所辖税源涉及的专业管理、难度较高的复杂事项，包括：肇庆重点项目税收一体化管理、土地增值税清算审核、股权转让审核、重大资产处置等事项。

组织人事股：组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核、工资、人事档案等工作；负责数字人事日常管理及个人绩效考评管理工作；负责教育培训和老干部工作。

机关党委（党建工作股）：组织实施机关党建和党风廉政建设工作；统筹和指导机关党群工作，宣传和执行党的路线方针政策。

根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。